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    单细胞测序
        发布时间: 2018-04-16 17:51    

    一、服务介绍 

    随着现(xian)代生物学(xue)的(de)发(fa)展(zhan),基于(yu)细胞(bao)群(qun)体的(de)研(yan)究(jiu)已(yi)无(wu)法解决细(xi)胞(bao)异(yi)质性(xing)的难(nan)题(ti)。单细胞(bao)测(ce)序(xu)通(tong)过对单个细胞(bao)进行基因组(zu)或转(zhuan)录(lu)组测序(xu),解决了1)用组(zu)织(zhi)样(yang)本无法(fa)获得(de)不(bu)同单个细(xi)胞的(de)异质(zhi)性信息、2)样(yang)本量太少无法进(jin)行(xing)常规测(ce)序的难(nan)题,为(wei)科学(xue)家研究解(jie)析单个(ge)细(xi)胞的行(xing)为、机制、与(yu)机体(ti)的(de)关(guan)系(xi)等提(ti)供了新方(fang)向(xiang)。

    2011 年,《Nature Methods》杂志(zhi)将(jiang)单(dan)细胞(bao)测序列(lie)为年(nian)度值(zhi)得期待(dai)的技术之(zhi)一[1];2013 年,《Science》杂志(zhi)将(jiang)单(dan)细(xi)胞测序(xu)列为(wei)年度最(zui)值(zhi)得关(guan)注(zhu)的六(liu)大(da)领域(yu)榜(bang)首(shou)[2], 单细胞测(ce)序(xu)已(yi)成(cheng)为科(ke)研热(re)点(dian)。目前,单(dan)细(xi)胞测(ce)序主要(yao)涉及全(quan)基(ji)因组DNA、外显子、mRNA 以及lincRNA(同时获得lincRNA 和mRNA 的序列和

    表达信息)四个方面。

     

    二、服务流程

     

    二、技术参数

    细胞分离:由合作(zuo)方完(wan)成单细胞分(fen)离工作

    样本要求

    (1)DNA 水平:单个细胞,单染色体少量细(xi)胞(bao)等(deng)稀(xi)有(you)样本或(huo) 0.5 pg 的基因组 DNA

    (2)RNA 水平:单个细胞、微量细胞(几个到几千个)和微量Total RNA(10 pg–10 ng)中含PolyA 尾的RNA

    扩增技术:MALBAC/SMART 扩增技术

    测序策略:Illumina HiSeq 平台;PE150

    测序深度:可(ke)根据老(lao)师研(yan)究目(mu)的选择合适(shi)测(ce)序深度(du)

    项目周期:46 天(单细胞基因组/ 外显子:扩增10 天,建库测序分析36 天)

    50 天(单细胞转录组:扩增10 天,建库测序分析40 天)

    70 天(单细胞lincRNA:扩增10 天,建库测序分析60 天)

     

    、分析项目

    定制化信(xin)息分析(xi),可结合客(ke)户的(de)需(xu)求,协(xie)商(shang)确定定制化(hua)信息分析(xi)内容(rong)

     

    四、结果案例

    单(dan)精子全基(ji)因(yin)组(zu)测(ce)序探索(suo)染色体(ti)重组(zu)本研(yan)究(jiu)采(cai)用(yong)最(zui)新发(fa)明(ming)的多(duo)次(ci)退火循环(huan)扩增技(ji)(MALBAC),对(dui)一名(ming)亚(ya)洲男(nan)性(xing)及其(qi)99 个精(jing)子(zi)进(jin)行了单细(xi)胞全基因(yin)组(zu)测序,测序深度分别

    70X 和1X,构(gou)建了个(ge)人(ren)遗(yi)传(chuan)图(tu)谱(pu),并分(fen)析(xi)减(jian)数分裂(lie)期(qi)间(jian)同源染色体(ti)之(zhi)间(jian)的(de)片段交(jiao)叉(cha)重组(crossover)事件。研究表明(ming)个(ge)体(ti)水(shui)平(ping)上(shang)基因(yin)区(qu)附(fu)近(jin)的重(zhong)组(zu)率降(jiang)低(di)现(xian)象是(shi)由分子机制(zhi)决(jue)定(ding),而非自(zi)然选(xuan)择(ze)的结(jie)果。染色体(ti)数(shu)目(mu)异(yi)常(chang)是造成某些先(xian)天(tian)性(xing)出生(sheng)缺陷(xian)的(de)重(zhong)要原因。这一(yi)研(yan)究(jiu)结(jie)果(guo)将有(you)助(zhu)于研(yan)究(jiu)人(ren)类染(ran)色体(ti)重组规(gui)律(lv),探索(suo)先(xian)天性出(chu)生缺(que)陷(xian)的遗(yi)传机理。

     

    crossover 分布图

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