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    宏基因组测序
        发布时间: 2018-04-16 17:51    

    一、服务介绍 

    宏基因组学(Metagenomics),又(you)称元基因组学(xue),以特定(ding)生境(jing)中的整个微生物(wu)群落作为(wei)研究(jiu)对象(xiang),采用(yong)新(xin)一代(dai)高(gao)通量测序技(ji)术(shu),获(huo)得环(huan)境(jing)微生物(wu)基(ji)因信息(xi)总(zong)和(he),研(yan)究(jiu)环境(jing)微生(sheng)物的(de)群(qun)落结(jie)构(gou)、物种分类、系统进化、基因(yin)功(gong)能(neng)及代谢(xie)网(wang)络(luo)等(deng)。宏基(ji)因组(zu)测序(xu)摆(bai)脱了传(chuan)统(tong)研究中(zhong)微生(sheng)物(wu)分(fen)离(li)培养的技(ji)术限制,直接提取环(huan)境样本DNA 进行测序,具有通量高、速度快、信息全等特点,在鉴定(ding)低(di)丰度(du)的微生物(wu)群(qun)落、挖掘更(geng)多(duo)基(ji)因资源(yuan)方面具(ju)有很大(da)优(you)势(shi),基于(yu)测(ce)序技术(shu)和(he)生物信息(xi)学的(de)快速(su)发(fa)展(zhan),宏基因组(zu)技(ji)术(shu)优(you)势(shi)在(zai)微生物研究(jiu)领(ling)域(yu)中(zhong)愈(yu)发(fa)明显(xian),应用(yong)范(fan)围(wei)愈发广泛(fan)。

     

    二、服务流程

    1.样品准备样本2.DNA提取3. DNA检测4. 文库构建 5.文库检测 6.上机测序

     

    三、技术参数

    常见环境样本(请使(shi)用干(gan)冰(bing)或(huo)冰袋运(yun)送(song))

    土壤、淤泥、沉积物≥ 5g;粪便≥ 2g;组织样本≥ 1g

    水(shui)体送(song)样为过(guo)滤(lv)后的(de)滤(lv)膜(mo)(最适滤膜直径3-4 cm)

    拭子样本≥ 2 个

    * 提取方法(fa)可参(can)照:附录一 常(chang)见环(huan)境(jing)微(wei)生(sheng)物样本(ben)制备(bei)及(ji)DNA 提取方法参考

    ?DNA 样本(请使(shi)用(yong)干(gan)冰或冰(bing)袋运送)

    样品浓度 ≥ 50ng/μl

    样品总量 ≥ 1.6μg

    OD260/280:1.8~2.0,无 RNA、蛋(dan)白质(zhi)等杂质(zhi)污染

     

    四、结果示例

    肠(chang)道(dao)微生物对(dui)人体(ti)至关重(zhong)要,本(ben)文(wen)采用(yong)宏(hong)基因(yin)组(zu)测序(xu)技(ji)术对98 个(ge)瑞典产妇的(de)粪(fen)便及(ji)婴儿(er)的(de)粪(fen)便进行(xing)分析(xi),研(yan)究(jiu)出(chu)生一(yi)年(nian)内肠道(dao)的微生(sheng)物,评(ping)估分(fen)娩方(fang)式和(he)喂(wei)养方式(shi)对(dui)肠(chang)道(dao)菌群(qun)建(jian)立(li)的(de)影(ying)响。与顺(shun)产(chan)婴儿(er)的(de)肠(chang)道微(wei)生物相比(bi),剖腹(fu)产(chan)婴(ying)儿肠道微(wei)生(sheng)物与(yu)母亲相(xiang)似(si)性(xing)明显降(jiang)低。营养对(dui)肠道微生(sheng)态的组(zu)成(cheng)和功(gong)能(neng)有重要(yao)影响(xiang),促(cu)使婴(ying)儿(er)肠(chang)道微(wei)生物(wu)向成人(ren)肠道微(wei)生物(wu)群(qun)转变(bian)的主要驱动(dong)力量并(bing)不(bu)是(shi)开(kai)始(shi)喂食(shi)固(gu)体(ti)食(shi)物,而(er)是(shi)停(ting)止母(mu)乳(ru)喂(wei)养(yang)。微生物群(qun)落(luo)组(zu)成和生(sheng)态网(wang)络在不同样本阶段(duan)具(ju)有明(ming)显差异(yi),与(yu)微生物(wu)功(gong)能(neng)成(cheng)熟度相(xiang)关(guan)。

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