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    单细胞测序
        发布时间: 2018-04-16 17:51    

    一、服务介绍 

    随(sui)着现代(dai)生(sheng)物学(xue)的(de)发(fa)展(zhan),基(ji)于(yu)细(xi)胞(bao)群(qun)体的研(yan)究已无(wu)法(fa)解决细(xi)胞异(yi)质(zhi)性的(de)难(nan)题。单细胞测(ce)序通(tong)过对(dui)单个细(xi)胞(bao)进(jin)行基因(yin)组(zu)或(huo)转录(lu)组(zu)测(ce)序,解决了1)用组(zu)织样本无法获(huo)得不(bu)同(tong)单(dan)个(ge)细胞的(de)异质性信息、2)样(yang)本(ben)量太少无(wu)法进行常(chang)规(gui)测序(xu)的(de)难题,为科(ke)学家(jia)研究解(jie)析(xi)单(dan)个细胞的(de)行为、机制、与机体(ti)的(de)关(guan)系等提(ti)供了(liao)新方向(xiang)。

    2011 年,《Nature Methods》杂志(zhi)将(jiang)单细胞测序(xu)列(lie)为(wei)年(nian)度值得(de)期待(dai)的技(ji)术(shu)之一[1];2013 年,《Science》杂(za)志(zhi)将单(dan)细(xi)胞(bao)测(ce)序(xu)列为(wei)年(nian)度(du)最(zui)值得关(guan)注的(de)六大领域(yu)榜首[2], 单(dan)细胞测序已(yi)成(cheng)为(wei)科(ke)研热(re)点。目前,单(dan)细胞(bao)测(ce)序(xu)主(zhu)要涉及(ji)全基因组DNA、外显子、mRNA 以及lincRNA(同时获得lincRNA 和mRNA 的序列和

    表达信息)四个方面。

     

    二、服务流程

     

    二、技术参数

    细胞分离:由(you)合作(zuo)方完(wan)成(cheng)单细(xi)胞分离(li)工作

    样本要求

    (1)DNA 水平:单个细胞,单染色体少量(liang)细胞(bao)等(deng)稀有样本(ben)或(huo) 0.5 pg 的基因组 DNA

    (2)RNA 水平:单个细胞、微量细胞(几个到几千个)和微量Total RNA(10 pg–10 ng)中含PolyA 尾的RNA

    扩增技术:MALBAC/SMART 扩增技术

    测序策略:Illumina HiSeq 平台;PE150

    测序深度:可根据老师(shi)研究目的选(xuan)择(ze)合适测(ce)序深度

    项目周期:46 天(单细胞基因组/ 外显子:扩增10 天,建库测序分析36 天)

    50 天(单细胞转录组:扩增10 天,建库测序分析40 天)

    70 天(单细胞lincRNA:扩增10 天,建库测序分析60 天)

     

    、分析项目

    定(ding)制(zhi)化信息分(fen)析,可结合客户(hu)的需求(qiu),协(xie)商确(que)定定(ding)制化(hua)信(xin)息分(fen)析内容

     

    四、结果案例

    单(dan)精(jing)子(zi)全基因(yin)组(zu)测(ce)序(xu)探(tan)索(suo)染色体重(zhong)组本研(yan)究采(cai)用(yong)最(zui)新发(fa)明的多(duo)次(ci)退火循环(huan)扩(kuo)增(zeng)技(MALBAC),对一(yi)名(ming)亚(ya)洲男(nan)性(xing)及其(qi)99 个(ge)精(jing)子进行(xing)了单(dan)细胞(bao)全基因(yin)组测序(xu),测序深度分别

    70X 和1X,构(gou)建了(liao)个(ge)人遗传图(tu)谱(pu),并分析减(jian)数分裂(lie)期(qi)间同(tong)源(yuan)染(ran)色体(ti)之间的(de)片段(duan)交叉重(zhong)组(zu)(crossover)事件。研(yan)究表(biao)明个(ge)体(ti)水(shui)平(ping)上(shang)基因(yin)区(qu)附近(jin)的重组率降(jiang)低现象是由分子机制决(jue)定(ding),而(er)非(fei)自然选(xuan)择(ze)的结果。染(ran)色体(ti)数目异(yi)常(chang)是造成(cheng)某些先天(tian)性出生(sheng)缺(que)陷(xian)的(de)重(zhong)要(yao)原(yuan)因。这(zhe)一研(yan)究结果(guo)将(jiang)有助于(yu)研(yan)究(jiu)人(ren)类染(ran)色(se)体(ti)重组(zu)规律(lv),探(tan)索先(xian)天(tian)性出(chu)生缺(que)陷的遗传(chuan)机(ji)理。

     

    crossover 分布图

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